El conflicto en Quetzaltenango durante el siglo XIX fue un episodio crucial en la historia de Guatemala. Enfrentamientos entre diferentes facciones políticas, lideradas por figuras como Carrera y Morazán, marcaron el destino de la región.
El presidente Rafael Carrera atacó sorpresivamente y venció a las tropas de Morazán, consolidando su posición en la región.
Posteriormente, con el respaldo de comunidades indígenas, derrotó a los criollos liberales y fue reconocido como un aliado fuerte por los pueblos indígenas de Quetzaltenango. La élite criolla altense, al enterarse del triunfo de Morazán en la ciudad de Guatemala, reinstauró el Estado de Los Altos.
Sin embargo, Carrera no tardó en actuar y, con determinación, se dirigió a Quetzaltenango, donde logró vencer a los criollos liberales y restablecer su autoridad en la región. La situación política en Guatemala era volátil, y en 1847 Carrera y Turcios establecieron la República de Guatemala. No obstante, en 1848, debido al caos reinante, los liberales lograron que Carrera abandonara el gobierno.
El 26 de agosto de 1848, durante la ausencia de Carrera, los capitulares quetzaltecos proclamaron nuevamente su segregación de Guatemala, con el respaldo del presidente de El Salvador y la facción anticarrerista local. Esta situación se mantuvo hasta el 8 de mayo de 1849, cuando Carrera tomó la ciudad y reprimió severamente a los miembros de la municipalidad.
El nuevo Estado fue reconocido por el Congreso centroamericano, el 5 de junio de 1838. Los Altos abarcó los territorios que, en ese tiempo, comprendían los departamentos de Quetzaltenango, Totonicapán y Sololá. A partir de mediados del siglo XVIII, los criollos y ladinos de Los Altos de Guatemala establecieron puntos de coincidencia, tanto sociales como culturales. Estos giraron en torno al auge económico experimentado en la región, debido al desarrollo del mercado interno y la expansión de la frontera agrícola.
El acta separatista de Quetzaltenango, del 8 de febrero de 1838, manifestó:7o. Que los departamentos de Sololá, Totonicapán y especialmente el de Quezaltenango, han sido constantemente oprimidos y vejados con providencias violentas e injustas y con cargas y contribuciones exorbitantes, para mantener fuerzas numerosas que sostengan las miras hostiles del que manda. 8. Que Quezaltenango sin embargo de ser uno de los más sumisos y respetuosos a la ley, ha sido siempre el blanco más injusto de los gobernantes; se le mira con desconfianza y recelos; se le nombra funcionarios que lo degraden y opriman; se le acrimina con suposiciones gratuitas; se le zahiere con mordacidad por sus rectas y justas opiniones y no se perdona ningún medio de los que la malignidad y la ingratitud inventan, que no se emplee para su destrucción y aniquilamiento.
9.Que bien lejos de haberse protegido el comercio e industria de estos pueblos, se han desatendido siempre las justas y razonadas peticiones que se han hecho al Gobierno y Asamblea por varias juntas y corporaciones y aun por sus representantes, sobre que se quitasen los impuestos a algunos artículos gravados y que se gravasen otros, sobre composturas de caminos, sobre la construcción de un puente en el río Samalá, para lo que habían empresarios que lo hacían a su costa, y sobre la habilitación del puerto de Ocós, todas cosas de suma importancia para el engrandecimiento de su comercio.
